パンデミックの第一波で、SARS-CoV-2 とマラリアの重複感染はどのくらいの頻度で発生したか?

Study: Prevalence of SARS-CoV-2 and co-occurrence/co-infection with malaria during the first wave of the pandemic (the Burkina Faso case). Image Credit: Christoph Burgstedt/Shutterstock


medRxiv* プレプリント サーバーに投稿された最近の研究で、研究者は循環している重症急性呼吸器症候群コロナウイルス 2 (SARS-CoV-2) バリアントの有病率と、コロナウイルス病 2019 (COVID-19) とマラリアの同時発生の頻度を特定説(推定)しました。西アフリカ、ブルキナファソにて。

研究: パンデミックの第一波における SARS-CoV-2 の有病率とマラリアとの同時発生/同時感染 (ブルキナファソのケース)。 画像著作権: Christoph Burgstedt/Shutterstock

バックグラウンド

アフリカでの SARS-CoV-2 感染は、先進国と比較して発生率が低く、ほとんどが無症候性であり、関連する死亡率が低いことが報告されています。 若年層の割合が高いこと、社会生態学的なばらつき(人口が少ない、温暖な気候、感染症に対する訓練された免疫反応)、および政府によるロックダウンなどの健康対策の迅速な施行が、発生率の低下を説明している可能性があります。

調査によると、COVID-19 のパンデミックは、一部の国 (チュニジア、モロッコ、南アフリカなど) により大きな影響を与えており、地域固有の SARS-CoV-2 の拡散を示しています。 ただし、調査結果は、診断テストと監視手段のレベルが低く、不均衡であることが原因である可能性があります。

さらに、マラリアはアフリカの風土病であり、最初のCOVID-19の波の間に症例が増加しました。これは、マラリアキャンペーンの混乱と、最初のパンデミックの波の間の診断および検査能力が原因である可能性があります.

研究について

現在の人口ベースの研究では、研究者は西アフリカのブルキナファソ国における COVID-19 とマラリアの同時感染の頻度を評価しました。

この研究は、2020 年 8 月 22 日から 11 月 19 日までの間、ブルキナファソの南部地域の 11 の村のさまざまな農村地域または都市地域に住む 998 人の無症候性のボランティアに対して実施されました。参加者から血液サンプルが採取され、マラリア原虫であるマラリア原虫の顕微鏡検査を受けました。熱帯熱マラリア原虫の検出 (無性および配偶子母細胞の段階)、および SARS-CoV-2 ヌクレオキャプシド (N) タンパク質に対する血清免疫グロブリン G (IgG)、A および M 抗体の存在に基づく、SARS-CoV-2 検出のための迅速な診断テスト。

SARS-CoV-2 血清有病率は、抗 SARS-CoV-2 N 抗体を持つ参加者の割合として推定されました。 さらに、鼻咽頭スワブ検体は、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応 (RT-qPCR) 分析のために研究参加者から得られ、サイクル閾値 (Ct) 値が得られました。 さらに、SARS-CoV-2 リボ核酸 (RNA) は、Ct 値が 35 以下 (n=19) の血清反応陽性の個人サンプルから抽出され、全ゲノム配列決定 (WGS) 分析にかけられ、その後、ゲノム ライブラリーが構築されました。

シーケンスは、比較ゲノム解析および系統発生解析によっても分析され、PANGOLIN (指定されたグローバル アウトブレイク系統の系統発生割り当て) 分類を使用して、SARS-CoV-2 系統およびクレードが特定説(推定)されました。 参加者から得られた人口統計学的および臨床データには、性別、体温、および年齢が含まれていました。

結果

ほとんどの参加者 (55%、n=549) は女性で、5 歳から 12 歳まで、13 歳から 20 歳まで、21 歳から 40 歳まで、40 歳以上の年齢層に分けられました。 分析では、SARS-CoV-2 血清陽性率 3.2% (n=32)、SARS-CoV-2 RT-qPCR 陽性率 2.5%、マラリア発生率 22% (n=219) が示され、ほとんどの重感染例は高齢の子供で検出されました。 12 歳未満 (42%) で、性別による有意差はありません。

SARS-CoV-2 の血清陽性率が最も高かったのは(5%)、西アフリカの都市部にあるボボ・ディウラッソ市で報告されており、40 歳以上の個人で有意に高く(7%)、13 歳から 20 歳がそれに続きました。 (3%)、5 年から 12 年 (2%)、21 年から 40 年 (1%)。 2020 年 11 月には、SARS-CoV-2 感染の発生率が大幅に高くなりました (6%)。 ただし、SARS-CoV-2 の血清有病率と PCR 陽性率に有意な性差は観察されませんでした。

WGS 分析では、調査期間中にブルキナファソで循環している 13 の SARS-CoV-2 株が示されており、A.19、A.21、B.1、B.1.1.118、および B.1.1.404 系統に分類されています。 19B、20A、および 20B クレード。 パンデミックの最初の波の間にブルキナファソで見つかった循環系統は、武漢株に由来する初期のクレードでした。 報告された系統のほとんどは、ブルキナファソまたは近隣諸国で以前に記載されています。 ただし、米国またはヨーロッパからブルキナファソに輸入されたと思われる 2 つのあまり頻度の低い系統 (B.1.1.118 および B.1) も特定説(推定)しました。

SARS-CoV-2 血清反応陽性/RT-qPCR 陽性検体 (n=7) のうち、マラリアの重複感染を示したものはありませんでしたが、マラリアと COVID-19 は 2 つ (17 件中) の血清反応陰性/RT-qPCR 検体で同時発生しました。陽性検体。 残りの血清反応陽性/RT-qPCR 陰性の個人 (n = 25) のうち、8 人がマラリアの同時感染を示しました。 したがって、重複感染が確認された症例は 2 例、重複感染が疑われる症例は 8 例検出され、そのうち 8 例は 14 歳未満、2 例は 40 歳以上でした。 1 つ (2 つのうち) RT-qPCR 陽性の共感染サンプルのみが配列決定され、A.21 系統が割り当てられました。

2 つの疾患の影響を最も受けている年齢層のほとんどは重複していませんでした。 ただし、若者の間で 10 の重複感染例が観察されました。 血清学的検査では、SARS-CoV-2 に対する総抗体価 (IgG、A、および M) が測定されたため、現在の SARS-CoV-2 感染から血清陽性の以前の感染症例を特定説(推定)することが困難になり、したがって、データが再感染を示しているかどうかを判断することが困難になりました。感染または重複感染を明確に定義することはできません。

観測された COVID-19 の一時的な傾向と同様に、マラリアの症例は研究開始時の 5% から研究期間の終わりまでに 29% に大幅に増加しました。これは、COVID-19 のパンデミックによるマラリア感染制御への潜在的な影響を示しています。

結論

調査結果は、ブルキナファソでは COVID-19 とマラリアの同時感染の頻度が低いことを示しました (1%)。 著者らは、今回の研究はこの種のものとしては初めてのものであり、サハラ以南のアフリカにおける SARS-CoV-2 感染の真の有病率と循環変異体を推定するためのデータを提供すると考えています。

*重要なお知らせ

medRxiv は、査読されていない暫定的な科学レポートを公開しているため、決定的なものと見なしたり、臨床診療/健康関連の行動をガイドしたり、確立された情報として扱ったりするべきではありません。



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