エビデンス A.2 サル痘の系統は変異している

Study: Genome characterization of monkeypox cases detected in India: Identification of three sub clusters among A.2 lineage. Image Credit: NIAID


bioRxiv* プレプリント サーバーに投稿された最近の研究では、インドの研究者チームが、海外旅行歴のあるサル痘患者とそうでないサル痘患者から分離されたサル痘ウイルスの全ゲノム配列を分析し、ウイルスの系統関係とゲノム進化を理解しました。伝送速度の向上に貢献します。

研究: インドで検出されたサル痘症例のゲノム特徴付け: A.2 系統における 3 つのサブクラスターの同定。 画像著作権: NIAID

バックグラウンド

サル痘ウイルスは、天然痘を引き起こす水痘ウイルスと同様に、ポックスウイルス科に属するオルソポックスウイルス種です。 これは、約 190 の遺伝子をコードするゲノムを持つ二本鎖デオキシリボ核酸 (DNA) ウイルスです。

サル痘の最初の既知のヒト症例は 1970 年にコンゴ民主共和国で発生し、アフリカ西部および中央部の国々に広がり、その後 2003 年に米国 (米国) で、2018 年に英国 (英国) で発生しました。世界保健機関 (WHO) によって実施されたゲノム研究では、クレード I (コンゴ盆地のクレード) とクレード II (西アフリカのクレード) の 2 つの主要なクレードが認識され、クレード II には 2 つのサブクレードが含まれていました。 2022 年のサル痘の世界的な流行は、クレード IIb に関連しています。

ポックスウイルス科のウイルスは、種間および種内で高い組換え頻度を示しています。 クレード I と II の遺伝的距離は 900 bp でした。 遺伝的変化は、ウイルスに伝染と感染の利点をもたらす可能性があります。 したがって、サル痘ウイルスの循環株の全ゲノム解析は、この疾患の監視に不可欠です。

研究について

本研究では、サル痘の疑いのある 96 人から、鼻咽頭および中咽頭のスワブ、病変痂皮、体液からサンプルを収集しました。 陽性例は、サル痘特異的プライマーを使用したリアルタイムのポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) に基づいて特定説(推定)されました。

最終的なサンプル セットには、ケララ州からの 5 つのサンプル (海外旅行歴あり) とデリーからの 5 つのサンプル (最近の海外旅行歴なし) が含まれていました。 陰性サンプルは、エンテロウイルスと水痘帯状疱疹ウイルスについてさらにスクリーニングされました。

陽性サンプルのゲノム解析には、次世代シーケンシングが使用されました。 さらに、この研究で生成されたゲノム配列と、NCBI (国立生物工学情報センター) および GISAID (鳥インフルエンザ データの共有に関する世界的イニシアチブ) データベースからの 75 配列からなる最終的なデータセットに対して、系統解析が行われました。そして2022年以降のサル痘の発生。

結果

この研究では、サル痘ゲノムの 90% から 99% が、病変の痂皮とすべての陽性症例の体液サンプルから取得されました。 系統樹は、インドからの 10 個のサンプルをクレード IIb 系統 A.2 に配置し、米国、タイ、および英国からの他の 8 個のサンプルとともに配置しました。

ゲノムベースの分析により、A.2系統は3つのサブクラスターに分割され、7つの配列(ケララから5つ、デリーから2つ)がUK-2022 OP331335.1およびUSA-2022 ON674051.1株と分岐し、1つを形成しましたサブクラスター。 位置 C 179537 T、C 25072 T、および A 140492 C での系統定義変異により、ケララ州からの 5 つの配列が亜系統 A.2.1 としてさらに分類されました。

デリーからの残りの 3 つのシーケンスは、USA-2022 株 ON675438.1 で分岐し、2 番目のサブクラスターを形成しました。 3 番目のサブクラスターは、他の米国および英国株の配列とタイのサンプルで構成されていました。

研究では、サル痘ウイルスの短期間の進化と、シチジンデアミナーゼ活性をもたらすアポリポタンパク質 B 編集複合体 (APOBEC3) 遺伝子の変異が関連づけられています。 今回の研究のゲノム解析により、13 の新しい APOBEC3 変異と 16 の一塩基多型 (SNP) が明らかになり、著者らは A.2 系統内の系統を定義する変化であると考えています。 この研究では、インドで流行しているサル痘株でさらに 25 の APOBEC3 変異が特定説(推定)されました。

インドのサル痘シーケンスは、ドイツ、イタリア、フランスなどのヨーロッパ諸国の B.1 系統や、ナイジェリア、シンガポール、イスラエルの 2017-2018 A.1 系統など、以前の系統とは分岐していました。

結論

要約すると、この研究では、サル痘ウイルスの APOBEC3 遺伝子に、ウイルスの進化に関与する可能性のある 13 の新しい変異が報告されています。 さらに、結果は APOBEC3 変異とともに、系統 A.2.1 を形成するインドからのサンプルをもたらした 16 の新しい SNP も明らかにしました。 著者らは、オルソポックス ウイルス遺伝子の変異は、宿主の免疫抑制による病原性の増加と関連していると考えています。

さらに、サル痘ウイルスおよび他のオルソポックスウイルス種の末端領域の遺伝子は、宿主の適応と伝達に関与しています。 したがって、これらの遺伝子の役割を理解するためのゲノムワイドな研究と、発生した突然変異の監視は、サル痘の蔓延を抑えるために不可欠です。

*重要なお知らせ

bioRxiv は、査読されていない暫定的な科学レポートを発行しているため、決定的なものと見なしたり、臨床診療/健康関連の行動をガイドしたり、確立された情報として扱ったりするべきではありません。

ジャーナルの参照:

インドで検出されたサル痘症例のゲノム解析: A.2 系統の 3 つのサブクラスターの同定: Anita M Shete、Pragya D Yadav、Abhinendra Kumar、Savita Patil、Deepak Y Patil、Yash Joshi、Triparna Majumdar、Vineet Relhan、Rima R Sahay 、Meenakshy Vasu、Pranita Gawande、Ajay Verma、Arbind Kumar、Shivram Dhakad、Anukumar Bala Krishnan、Shubin Chenayil、Suresh Kumar、および Priya Abraham。 bioRxiv。 2022年。



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