デンマークでは、オミクロンの再感染により、COVID-19後の無効な免疫が明らかになりました

Study: Increasing Cases of SARS-CoV-2 Omicron Reinfection Reveals Ineffective Post-COVID-19 Immunity in Denmark and Conveys the Need for Continued Next-Generation Sequencing. Image Credit: Noiel / Shutterstock


medRxiv* プレプリント サーバーに投稿された最近の研究で、研究者はデンマークでのバリアントごとの SARS-CoV-2 再感染例を調査しました。

SARS-CoV-2 の進化により、オミクロンなどの感染性と免疫回避性が向上した複数の懸念バリアント (VOC) が出現し、SARS-CoV-2 の再感染が急増し、COVID-19 の緩和が困難になっています。グローバルに。 研究では、SARS-CoV-2 の再感染頻度が調査されていますが、SARS-CoV-2 パンゴ系統が特定説(推定)されていない逆転写酵素ポリマー連鎖反応 (RT-PCR) 分析データに限定されていました。 さらに、ゲノム配列決定レポートは通常、初期感染または再感染のいずれかに分類されますが、個人の初期感染および再感染に関する次世代シーケンシング (NGS) データが一緒に報告されることはめったにありません。

研究: SARS-CoV-2 オミクロン再感染の症例の増加は、デンマークにおける COVID-19 後の無効な免疫を明らかにし、継続的な次世代シーケンスの必要性を伝えます。 画像著作権: Noiel / Shutterstock

研究について

本研究では、デンマークのSARS-CoV-2陽性者およびGISAID(鳥インフルエンザ データの共有に関する世界的なイニシアチブ) データベース。

デンマーク在住の同じ個人からの一次 SARS-CoV-2 感染と再感染の NGS データと臨床メタデータが分析されました。 2020 年 3 月 1 日から 2022 年 8 月 28 日までの間に合計 21,708 件の再感染のエントリが利用可能で、SARS-CoV-2 の一次感染と再感染に関するサンプル収集の日付に関するデータが含まれていました。

チームは、臨床 SARS-CoV-2 メタデータを最初とその後の SARS-CoV-2 感染の時点として記録し、最初とその後の SARS-CoV-2 感染の間の期間を測定しました。 さらに、RT-PCR 解析結果と NGS 解析結果は、それぞれ一次感染と再感染について利用可能でした。

チームは、一次感染と再感染について同一の Pango 系統を持つ 70 の症例エントリー (全症例の 1% 未満) (n=70) を除外しました。 さらに、ベータ、ガンマ、および「その他」(普遍的に受け入れられるパンゴの命名法がない)の VOC データは、配列レベルが低いため除外されました。

再感染症例は、バリアントとサブバリアントによって層別化されました。 GISAID データベースには 2 つのファイルがアクセスされました。1 つは 1,200 万を超える SARS-CoV-2 シーケンスの現在のメタデータを含むファイル セットで、もう 1 つはデンマークの居住者のみのフィルタリングされたメタデータ ファイルで構成され、2 つの関連する SARS-CoV-2 感染が文書化されています。

結果

オミクロンによる初感染および再感染(すなわち、オミクロン-オミクロン感染)は、非オミクロン-オミクロン感染よりも短い期間(3週間以内でも、平均22週間)で起こることが報告されています。 最初のオミクロン感染から 10 週間以内のオミクロン再感染は、主に BA.1 が原因で報告され、BA.2 が続きました。

再感染頻度は、VOC による一次感染後、Omicron で有意に高かった (25%、N=1875)。 アルファ VOC による再感染の症例は報告されていませんが、デルタ VOC は症例の 2.3% (n=169) で再感染を引き起こしました。 オミクロン以前の感染による自然免疫の推定値は 90% を超えていましたが、3 ~ 4 か月で 10% 未満に低下しました。

Delta によって誘発された一次感染を持つ個人のうち、Delta バリアントによる再感染は 1% 未満 (n=18) でしたが、Omicron の再感染は 41% (n=3060 例) でした。 さらに、同じ VOC でサブバリアントが異なる再感染は、Omicron (4.6%、n=340) を除いて、わずか 0.3% (n=24) でした。 2020 年 3 月以降に再感染した個人の 93% がオミクロンに再感染しており、武漢-Hu-1 株、アルファ VOC、またはデルタ VOC バリアントによる最初の SARS-CoV-2 感染は、特にオミクロンの場合、再感染に対する適切な免疫防御を与えることができなかったことを示しています。再感染。

オミクロンの再感染は、SARS-CoV-2 の一次感染がオミクロン BA.1、BA によって引き起こされた症例の 62% (n=211)、20%、(n=68)、および 30% (n=102) で報告されました。 .2、および BA.5 であり、BA.2 に一次感染した個体は、Omicron BA.5 サブバリアント (26%、n=89) で高い再感染率 (38%、n=129) を示しました。 調査結果は、3 つのオミクロンのサブバリアントの SARS-CoV-2 スパイク (S) タンパク質が類似していても、オミクロンのサブバリアントの違いは、オミクロン BA.1/2 感染誘導 nAbs (中和抗体) の結合を防ぐのに十分であることを示しました。オミクロンBA.5 S搭載。

結論

調査結果は、ほとんどの SARS-CoV-2 再感染症例がオミクロンが原因で発生したことを示しました。 Omicron に一次感染した人々の Omicron 再感染は、わずか 3 週間という短期間で発生しました。 この調査結果は、非オミクロン VOC による一次感染は、オミクロンによる再感染を防ぐための免疫保護を提供するには不十分であることを示しました。

さらに、この調査結果は、Omicron の感染性と免疫回避性、および最新の SARS-CoV-2 ワクチン、継続的な SARS-CoV-2 サーベイランス、公衆衛生改善のための政策立案を導く SARS-CoV-2 の進化的評価の必要性を浮き彫りにしています。世界中。 さらに、この分析は、SARS-CoV-2 再感染リスクの正確な推定値を提供するために、個人レベルの NGS データを分析する必要性を強調しています。

*重要なお知らせ

medRxiv は、査読されていない暫定的な科学レポートを公開しているため、決定的なものと見なしたり、臨床診療/健康関連の行動をガイドしたり、確立された情報として扱ったりするべきではありません。



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